Infantino hiện đang chiến vì vị trí quyền lực tại FIFA. Nay những chi tiết nhạy cảm vài tháng đầu nhậm chức được đưa ra ánh sáng. Theo The Telegraph của Anh, chỉ vài tháng sau khi đắc cử tháng 2/2016, Ủy ban Đạo đức FIFA đã mở điều tra với chủ tịch FIFA này. Các cáo buộc gồm vi phạm quy định nội bộ, những chuyến bay riêng đáng ngờ, và tự ý quyết định nhân sự.

Được cho là tầng lớp lãnh đạo FIFA từ hè 2016 đã bày tỏ lo ngại nghiêm trọng với người Thụy Sĩ này. The Telegraph viết cuộc điều tra phác họa một chủ tịch sớm bất chấp quy trình và quy định. Cuối cùng Infantino được tuyên vô tội ở cả 7 cáo buộc.

Cáo buộc nhiều lần đi máy bay riêng đặc biệt nhạy cảm. Báo chí cho biết tháng 4/2016 Infantino từng đến Moscow dự cuộc gặp Tổng thống Nga Putin. Ông không đi chuyến bay định kỳ mà lên máy bay riêng do đại diện Liên đoàn bóng đá Nga sắp xếp. Sau đó vì lịch trình chậm, một công ty thuộc Gazprom còn giúp ông xếp thêm chuyến bay riêng tới Qatar. Rồi ông lại lên máy bay do Quốc vương Qatar cung cấp để về Geneva.

Chuyến đi tưởng niệm Giáo hoàng Francis quá cố cũng từng gây tranh cãi nội bộ. Infantino lúc ấy được mời tới Vatican với tư cách chủ tịch FIFA dự buổi tiếp kiến. Báo chí cho biết ông lại nhân dịp đi chơi riêng với gia đình, vợ và mẹ cùng ông lên máy bay riêng tới Rome. Infantino sau đó giải thích với điều tra viên rằng ông muốn đáp một nguyện vọng đặc biệt của mẹ.

Ngoài ra chủ tịch FIFA đương nhiệm còn chịu sức ép về lương. Báo chí cho biết ông từng gọi một hợp đồng 2 triệu franc Thụy Sĩ/năm là “sự sỉ nhục”, và từng từ chối ký. Đồng thời ông thuê vài người thân tín, mức lương trong mắt những người chỉ trích nội bộ không khớp hệ thống lương FIFA.

Dù khiếu nại liên tục, Ủy ban Đạo đức FIFA cuối cùng kết luận không có vi phạm. 10 năm sau, người đứng đầu FIFA lại chịu sức ép lớn. UEFA muốn ông xuống ghế trước kỳ bầu cử tới, phía Mỹ cũng đang mở thủ tục pháp lý mới với quan chức bóng đá quyền lực này.